臺博館自1948年以來即編輯出版英文半年刊（Journal of the National Taiwan Museum）及中文年刊，報導國內、外自然史研究的最新成果，亦為臺灣地區發行最久、最具傳統的自然史研究學術期刊。民國94年起，該館將中文及英文二本學術期刊合併出版，自第五十八卷起中文刊名更改為《國立臺灣博物館學刊》，英文名稱留用半年刊的Journal of the National Taiwan Museum，每半年出版一期。